Le ministère a connu des chamboulements immenses à partir du 14 novembre 1997. Ce jour-là, sous Imperium, le précédent ministre Cornelius Fudge présente sa démission au Magenmagot.
Joe Jigger est immédiatement propulsé ministre de la Magie, officieusement sous le contrôle de Lord Voldemort qui s'empare ainsi du pouvoir.
Des changements profonds dans l'organisation du ministère interviennent dans les jours qui suivent, et des lois restrictives des libertés sont rapidement instaurées.
L'organisation du ministère
Salle du pouvoir suprême
Lord Voldemort
Bureau exécutif
Sous-secrétaire d'Etat : Thidus Nott
Mangemagot
Président-sorcier : Lord Voldemort
Commission des enquêteurs : Marbellus Grandelord
- Département des Mangemorts (ex-Département des Aurors)
- Directeur : Augustus Rookwood
- Bureau de sécurité de Poudlard (bureau délocalisé à Poudlard prêt à tout type d'interventions et d'enquêtes, et en contact en permanence avec le Ministère) : Barnabas Bonobo
- Bureau de sécurité de Pré-au-Lard : Jack Fert
- Bureau des Aurors : Gawain Robards (gestion des effectifs et recrutement)
- Brigade d'enquêtes et d'interpellation des terroristes (pour les enquêtes après coup et pour la réaction en cas d'attaque)
- Brigade d'intervention éclair (toujours disponible dans tous les lieux magiques et prête à intervenir rapidement. Les Aurors utilisent des balais qui leur permettent de transplaner et de se rendre invisibles. Ce service est tenu secret du grand public)
- Brigade d'enquêtes permanente (pour rechercher en permanence des indices, pour essayer de connaître la localisation des ennemis et pour essayer de les infiltrer, d'obtenir des informations ou des aveux)
- Bureau de la coordination (chargé de l'archivage des données des enquêtes, et de la facilitation des relations entres les différents bureaux et les autres Départements)
- Brigade de surveillance des transports magiques (des effectifs d'Aurors en permanence en patrouille dans les transports pour assurer la sécurité des sorciers et pour observer les mouvements de la population)
- Département de la justice magique
Directeur : Dolores Ombrage
Service des usages abusifs de la magie
Bureau d'Enquêtes
Service des détournements de l'artisanat moldu
Services administratifs du Magenmagot
Cour de justice magique
Département de contrôle de l'équipement magique
- Département de protection des droits ancestraux
Directeur : Yorick Yaxley
- Département de l'information
Président de La Gazette du Sorcier : Patrick de Carnoustie